La colección de nuestro Jardín Botánico es de carácter regional y documenta especies de plantas del Semidesierto Queretano-Hidalguense, territorio ecológicamente afín al gran Desierto Chihuahuense, el más extenso de América del Norte, con aproximadamente 500,000 km, notable por ser el segundo desierto con mayor diversidad a nivel mundial. Esta porción que está hacia el sur del territorio principal de aquél, se sitúa en el centro de México, abarcando parte de los estados de Guanajuato, Querétaro e Hidalgo.